Specifica un modello lineare per confrontare 2 gruppi
Per identificare i geni a espressione differenziale nell’esperimento sulla leucemia, devi tradurre in R il seguente modello lineare:
dove \(X_{1}\) è uguale a 1 per i tumori progressivi e 0 per quelli stabili (nota: R sceglie automaticamente la condizione di riferimento in base all’ordine alfabetico).
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L’oggetto ExpressionSet eset con i dati sulla leucemia è stato caricato nel tuo workspace.
- Usa
model.matrixper costruire una matrice di disegno con un intercetta e un coefficiente che indichi lo stato della malattia.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)