Matrice dei contrasti per le medie di gruppo

Dato che stai usando la parametrizzazione con le medie di gruppo, ora c’è un passaggio in più nella pipeline di limma. I coefficienti rappresentano la media dei livelli di espressione per ciascuno dei due gruppi di campioni, quindi devi specificare un contrasto personalizzato per testare le differenze tra le leucemie progressive e quelle stabili.

Questo esercizio fa parte del corso

Analisi dell'espressione differenziale con limma in R

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Istruzioni dell'esercizio

L’oggetto ExpressionSet eset con i dati sulla leucemia e la matrice di disegno che hai appena creato (design) sono stati caricati nel tuo workspace.

Usa makeContrasts per definire il contrasto status, che è la differenza nel livello medio di espressione tra i tumori progressivi e quelli stabili.
Passa la matrice di disegno design all’argomento levels. Questo permette di usare i nomi delle colonne di design (che corrispondono ai coefficienti) nelle definizioni dei contrasti.

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

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