Crea un boxplot con un oggetto ExpressionSet
Ora che hai combinato tutti i dati sperimentali in un unico oggetto ExpressionSet, è più comodo sotto-selezionare feature e campioni. In questo esercizio creerai di nuovo un boxplot per visualizzare un gene, ma questa volta sotto-selezionerai anche i campioni da includere nel grafico.
Questo esercizio fa parte del corso
Analisi dell'espressione differenziale con limma in R
Istruzioni dell'esercizio
L'oggetto ExpressionSet eset è stato caricato nel tuo workspace.
Sotto-seleziona
esetmantenendo solo i primi 10 campioni (colonne).Crea un boxplot del gene (cioè riga) 1000 in
eset_subusando le funzioni di accessoexprs,pDataefData.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])