Volcano plot
Vous allez maintenant créer un volcano plot pour visualiser l’ampleur de l’expression différentielle dans l’étude sur la leucémie. Ce graphique affiche, sur l’axe des ordonnées, le logarithme des odds d’expression différentielle, et sur l’axe des abscisses, le log fold change.
Cet exercice fait partie du cours
<cours>Analyse d’expression différentielle avec limma en R</cours>Instructions de l’exercice
L’objet de modèle ajusté de l’étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.
Créez un volcano plot qui met en évidence les 5 gènes les plus importants.
Étiquetez ces 5 gènes avec leurs symboles en passant la colonne
symboldu data framefit2$genesà l’argumentnames.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)