Vérifier les sources de variation
Vous allez maintenant utiliser une analyse en composantes principales pour examiner les sources de variation dans les données. Les échantillons se regroupent-ils selon leur génotype (WT vs Top2b nul) et leur traitement (PBS vs Dox) ?
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet ExpressionSet eset contenant les données sur la doxorubicine a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.
Utilisez
plotMDSpour tracer les composantes principales. Étiquetez les échantillons par leur génotype.Revisualisez les composantes principales en étiquetant les échantillons par leur traitement.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")