Matrice de plan pour 3 groupes
Dans l’expérience d’hypoxie, des cellules souches ont été exposées à 3 niveaux d’oxygène : 1 %, 5 % et 21 %. Pour comparer la fonction cellulaire dans ces 3 environnements, utilisez la paramétrisation par moyennes de groupe pour définir un modèle linéaire avec un coefficient pour chaque niveau d’oxygène.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet ExpressionSet eset contenant les données d’hypoxie a été chargé dans votre espace de travail.
- Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de plan sans intercept. Rappelez-vous que la variable d’intérêt pour cette étude (3 niveaux d’oxygène) se trouve dans la colonneoxygendu data frame de phénotypes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)