Enrichissement de voies

Pour mieux comprendre l’effet des gènes différentiellement exprimés dans l’étude sur la doxorubicine, vous allez tester l’enrichissement de voies biologiques connues, répertoriées dans la base de données KEGG. Quelles voies KEGG sont sur‑représentées parmi les gènes différentiellement exprimés pour les contrastes « dox_wt » et « interaction » ?

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet de modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.

Extrayez les identifiants de gènes Entrez à partir du data frame fit2$genes.
Testez l’enrichissement des voies KEGG avec kegga pour le contraste "dox_wt". Définissez l’espèce à "Mm" pour Mus musculus.
Affichez les 5 principales voies KEGG enrichies avec topKEGG.
Répétez l’analyse d’enrichissement des voies pour le contraste "interaction".

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)

Modifier et exécuter le code