Matrice de contrastes

Pour tester l’effet de la doxorubicine sur le cœur des souris de type sauvage et des souris Top2b null (ainsi que toute interaction entre traitement et génotype), vous devez contraster les coefficients de la matrice de conception.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet ExpressionSet eset contenant les données de doxorubicine et la matrice de conception design ont été chargés dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.

Créez dox_wt pour tester l’effet de la doxorubicine chez les souris de type sauvage.
Créez dox_top2b pour tester l’effet de la doxorubicine chez les souris Top2b null.
Créez un terme d’interaction pour tester les différences de réponse à la doxorubicine entre les deux types de souris (indice : contrastez dox_top2b et dox_wt).

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Modifier et exécuter le code