Tester l'expression différentielle pour un factoriel 2x2
Même si vous avez plus de contrastes que dans les exemples précédents, le test d'expression différentielle avec limma suit toujours le même enchaînement d'étapes.
Cet exercice fait partie du cours
<cours>Analyse d’expression différentielle avec limma en R</cours>Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données Populus, la matrice de design (design) et la matrice de contrastes (cm) ont été chargés dans votre espace de travail.
Ajustez les coefficients du modèle avec
lmFit.Ajustez les contrastes avec
contrasts.fit.Calculez les statistiques t avec
eBayes.Résumez les résultats avec
decideTests.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)