Volcano plot
Vous allez maintenant visualiser l’ampleur de l’expression différentielle pour chaque contraste à l’aide d’un volcano plot, qui affiche en ordonnée le log des odds de l’expression différentielle et en abscisse le log du fold change.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet de modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.
Accédez aux symboles de gènes (
symbol) depuis le data framefit2$genes.Créez un volcano plot qui met en évidence les 5 gènes les plus importants pour chacun des 3 contrastes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)