Volcano plot
Vous allez maintenant visualiser l’ampleur de l’expression différentielle pour chaque contraste à l’aide d’un volcano plot, qui affiche en ordonnée le log des odds de l’expression différentielle et en abscisse le log du fold change.
Cet exercice fait partie du cours
<cours>Analyse d’expression différentielle avec limma en R</cours>Instructions de l’exercice
L’objet de modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.
Accédez aux symboles de gènes (
symbol) depuis le data framefit2$genes.Créez un volcano plot qui met en évidence les 5 gènes les plus importants pour chacun des 3 contrastes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)