Visualiser les effets de lot
Dans l’expérience sur les cellules souches olfactives, il y avait 7 traitements avec 4 réplicats chacun, soit 28 échantillons au total. Cependant, ces 28 échantillons ont été traités en 4 lots distincts. L’effet des traitements est d’intérêt biologique, tandis que l’effet des lots correspond à du bruit technique. À l’aide d’une réduction de dimension, déterminez lequel de ces deux effets a eu l’impact le plus important sur les données d’expression génique.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet ExpressionSet eset contenant les données des cellules souches olfactives a été chargé dans votre espace de travail.
Utilisez
plotMDSpour tracer les composantes principales. Étiquetez les échantillons selon le traitement reçu et définissezgene.selectionsur"common".Revisualisez les composantes principales en étiquetant cette fois les échantillons par leur lot.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")