Catégories de l’ontologie génétique
Dans l’exercice précédent, vous avez testé l’enrichissement de voies biologiques. Vous allez maintenant tester l’enrichissement dans des ensembles de gènes connus pour influencer le même processus biologique, appelés catégories de l’ontologie génétique (GO). Quelles catégories GO sont surreprésentées parmi les gènes différentiellement exprimés de l’étude sur la leucémie ?
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet du modèle ajusté de l’étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.
Extrayez les identifiants de gènes Entrez à partir du data frame
fit2$genes.Testez l’enrichissement des catégories GO avec
goana. Indiquez l’espèce"Hs"pour Homo sapiens.Affichez les 20 catégories GO les plus enrichies avec
topGO. Définissez l’argumentontologyà"BP"pour retourner les processus biologiques (Biological Processes).
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)