Histogramme des valeurs p

Après avoir effectué le test, vérifiez que le modèle a été correctement spécifié en inspectant la distribution des valeurs p pour chaque contraste. Rappelez-vous qu’une distribution uniforme des valeurs p est attendue pour un contraste avec peu de gènes différentiellement exprimés, et qu’une distribution asymétrique vers la droite est attendue pour un contraste avec de nombreux gènes différentiellement exprimés.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet de modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.

Utilisez topTable pour obtenir les statistiques récapitulatives pour chaque gène pour le contraste "dox_wt". Définissez le nombre de gènes à renvoyer égal au nombre de lignes de fit2.
Répétez pour les contrastes "dox_top2b" et "interaction".
Utilisez hist pour créer un histogramme des valeurs p pour chacun des trois contrastes.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

Modifier et exécuter le code