Matrice de contrastes pour 3 groupes

Pour identifier les gènes différentiellement exprimés entre chacun des 3 niveaux d’oxygène, vous devez définir 3 contrastes par paires.

Cet exercice fait partie du cours

<cours>Analyse d’expression différentielle avec limma en R</cours>

Voir le cours

Instructions de l’exercice

L’objet ExpressionSet eset contenant les données d’hypoxie et la matrice de plan que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.

Utilisez makeContrasts pour définir les 3 contrastes par paires. Pensez à utiliser les noms de colonnes de la matrice de plan sans guillemets.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Modifier et exécuter le code