Histogramme des valeurs p

Un bon graphique de contrôle est l’histogramme des valeurs p. Une forte densité de petites valeurs p indique de nombreux gènes différentiellement exprimés ; à l’inverse, une distribution uniforme suggère qu’il y en a peu. Créez un histogramme des valeurs p pour l’étude sur la leucémie.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet du modèle ajusté de l’étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.

Utilisez topTable pour obtenir les statistiques récapitulatives pour chaque gène.
Pour obtenir des résultats pour chaque gène, définissez l’argument number sur le nombre de lignes de fit2.
Pour désactiver le tri des résultats par niveau de significativité, définissez l’argument sort.by sur "none".
Utilisez hist pour créer un histogramme des valeurs p.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

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