Boîte à moustaches de Top2b
Ensuite, un contrôle de cohérence : créez une boîte à moustaches du niveau d’expression de Top2b pour vérifier que les souris nulles présentent des niveaux d’expression de Top2b plus faibles.
Rappelez-vous que vous avez réalisé une boîte à moustaches similaire au Chapitre 1, Exercice 4.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet ExpressionSet eset contenant les données de doxorubicine a été chargé dans votre espace de travail.
Trouvez la ligne qui contient les données de Top2b en recherchant
"Top2b"dans la colonne"symbol"des caractéristiques.Créez une boîte à moustaches en utilisant la syntaxe par formule. Le niveau d’expression doit être à gauche de
~et la variable de génotype à droite.Passez la ligne de la table des caractéristiques à
mainpour titrer le graphique.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])