Tester l’expression différentielle entre 2 groupes
Vous avez maintenant un objet ExpressionSet et une matrice de design ; vous pouvez ajuster et tester votre modèle avec limma.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet ExpressionSet eset avec les données de leucémie et la matrice de design que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.
Ajustez les coefficients du modèle avec
lmFit.Calculez les statistiques t avec
eBayes.Résumez les résultats avec
decideTests.Comme il n’est pas pertinent de tester le terme d’interception, indiquez le coefficient
"Diseasestable"lors de l’exécution dedecideTests.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)