Matrice de contrastes pour un factoriel 2x2

Un plan factoriel 2x2 permet de définir de nombreux contrastes. Vous devez tester les différences entre types d’arbre dans chacune des conditions d’arrosage, les différences de réponse à la sécheresse pour chaque type d’arbre, et les différences de réponse à la sécheresse entre les deux types d’arbre (traditionnellement appelées effet d’interaction).

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet ExpressionSet eset avec les données Populus et la matrice de design que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.

Créez type_drought pour tester l’effet du type d’arbre (NM6 vs DN34) en condition de sécheresse.
Créez water_dn34 pour tester l’effet de la sécheresse chez les arbres DN34.
Créez un terme d’interaction pour tester les différences de réponse à la sécheresse entre les deux types d’arbre (indice : contraster water_nm6 et water_dn34).

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

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