Créer un boxplot
Explorez le jeu de données sur la leucémie en visualisant, à l’aide de boxplots, les niveaux d’expression du premier gène pour les patient·e·s atteints de leucémie stable et progressive.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
La matrice d’expression (x), les données de caractéristiques (f) et les données de phénotype (p) sont chargées dans votre espace de travail.
Sous-sélectionnez
xpour ne conserver que le premier gène (c.-à-d. la première ligne) et insérez-le à gauche du~dans la formule (axe des ordonnées).Sous-sélectionnez
ppour ne conserver que la colonne"Disease"et insérez-la à droite du~dans la formule (axe des abscisses).Sous-sélectionnez
fpour ne conserver que le premier gène (c.-à-d. la première ligne) et la colonne"symbol". Utilisez ce résultat comme argument demainpour le titre du graphique.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create a boxplot of the first gene in the expression matrix
boxplot(___ ~ ___, main = ___)