Voies KEGG
Pour faciliter l’interprétation des résultats d’expression différentielle, une approche courante consiste à tester l’enrichissement dans des ensembles de gènes connus. La base KEGG contient des ensembles de gènes validés qui interagissent au sein d’une même voie biologique. Quelles voies KEGG sont surreprésentées parmi les gènes différentiellement exprimés de l’étude sur la leucémie ?
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet du modèle ajusté de l’étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.
Extrayez les identifiants de gènes Entrez à partir du data frame
fit2$genes.Testez l’enrichissement des voies KEGG avec
kegga. Définissez l’espèce sur"Hs"pour Homo sapiens.Affichez les 20 voies KEGG les plus enrichies avec
topKEGG.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)