Matrice de design pour un factoriel 2x2
Dans cette expérience factorielle 2x2 visant à étudier l’effet de la sécheresse sur la croissance des arbres, deux types différents de peuplier (Populus) ont été cultivés avec deux quantités d’eau différentes. Pour obtenir un coefficient de modèle par groupe, vous devez d’abord combiner les deux variables.
Cet exercice fait partie du cours
<cours>Analyse d’expression différentielle avec limma en R</cours>Instructions de l’exercice
L’objet ExpressionSet eset avec les données Populus a été chargé dans votre espace de travail.
Combinez les variables
type(le type d’arbre) etwater(normal vs. sécheresse) en une seule variable factorielle.Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de design sans intercept.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)