Créer un boxplot avec un objet ExpressionSet
À présent que vous avez rassemblé toutes les données expérimentales dans un seul objet ExpressionSet, il est plus pratique de sous‑sélectionner les caractéristiques et les échantillons. Dans cet exercice, vous allez de nouveau créer un boxplot pour visualiser un gène, mais cette fois en sous‑sélectionnant aussi les échantillons inclus dans le graphique.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L'objet ExpressionSet eset a été chargé dans votre espace de travail.
Sous‑sélectionnez
esetpour ne garder que les 10 premiers échantillons (colonnes).Créez un boxplot du 1000e gène (c.-à-d. ligne) dans
eset_suben utilisant les fonctions d'accèsexprs,pDataetfData.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])