Créer un objet ExpressionSet

Gérer trois jeux de données différents pour une même expérience est fastidieux et source d’erreurs, surtout si vous devez appliquer des filtres. Regroupez les trois jeux de données de l’expérience sur la leucémie en un seul objet en utilisant la classe Bioconductor ExpressionSet.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

La matrice d’expression (x), les données de caractéristiques (f) et les données de phénotype (p) sont chargées dans votre espace de travail.

Créez un nouvel objet ExpressionSet avec la fonction ExpressionSet.
Passez la matrice d’expression à l’argument assayData.
Passez le data frame de phénotype à l’argument phenoData.
Passez le data frame de caractéristiques à l’argument featureData.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Modifier et exécuter le code