Matrice de conception
L’expérience à la doxorubicine suit un plan factoriel 2×2 ; vous devez donc créer une variable combinée à utiliser dans la paramétrisation par moyennes de groupe.
Cet exercice fait partie du cours
Analyse d’expression différentielle avec limma en R
Instructions
L’objet ExpressionSet eset contenant les données de doxorubicine a été chargé dans votre espace de travail.
Combinez les variables
genotype(WT vs Top2b nul) ettreatment(PBS vs Dox) en un seul facteur.Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de conception sans intercept.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)