Matrice de contrastes pour les moyennes de groupes

Comme vous utilisez la paramétrisation par moyennes de groupes, il y a désormais une étape supplémentaire dans le flux de travail limma. Les coefficients représentent maintenant le niveau d'expression moyen pour chacun des deux groupes d'échantillons ; vous devez donc définir un contraste personnalisé pour tester les différences entre les leucémies progressives et stables.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L'objet ExpressionSet eset contenant les données de leucémie et la matrice de design que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.

Utilisez makeContrasts pour définir le contraste status, qui est la différence du niveau d'expression moyen entre les cancers progressifs et stables.
Passez la matrice de design design à l'argument levels. Cela permet d'utiliser les noms de colonnes de design (qui correspondent aux coefficients) dans la définition des contrastes.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Modifier et exécuter le code