Tester l’expression différentielle

Maintenant que vous avez défini une matrice de design et une matrice de contrastes, vous pouvez tester l’expression différentielle due au traitement par doxorubicine dans les deux types de souris.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet ExpressionSet eset contenant les données sur la doxorubicine, la matrice de design design et la matrice de contrastes cm ont été chargés dans votre espace de travail. Le package limma est déjà chargé.

Ajustez les coefficients du modèle avec lmFit.
Ajustez les contrastes avec contrasts.fit.
Calculez les statistiques t avec eBayes.
Résumez les résultats avec decideTests et vennDiagram.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Modifier et exécuter le code