Tester l’expression différentielle pour les moyennes de groupe

Maintenant que vous avez défini la matrice de design et la matrice de contrastes, vous pouvez tester l’expression différentielle.

Cet exercice fait partie du cours

Analyse d’expression différentielle avec limma en R

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Instructions

L’objet ExpressionSet eset avec les données de leucémie, la matrice de design (design) et la matrice de contrastes (cm) ont été chargés dans votre espace de travail.

Ajustez les coefficients du modèle avec lmFit.
Ajustez les contrastes avec contrasts.fit.
Calculez les statistiques t avec eBayes.
Résumez les résultats avec decideTests. Vous n’avez pas besoin de sous-ensembles fit2 comme dans la paramétrisation par contrastes de traitement, car il n’y a pas de terme d’interception dans le modèle « moyennes de groupe ».

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Modifier et exécuter le code