Nuage volcanique
Vous allez maintenant créer un nuage volcanique pour visualiser l'ampleur de l'expression différentielle dans l'étude sur la leucémie. Le graphique présente, sur l'axe des y, le logarithme des cotes d'expression différentielle et, sur l'axe des x, le changement de repli logarithmique.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet du modèle ajusté de l'étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.
Créez un nuage volcanique qui met en évidence les 5 gènes principaux.
Étiquetez ces 5 gènes avec leur symbole génique en transmettant la colonne
symbolde la trame de donnéesfit2$genesà l'argumentnames.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)