Enrichissement de voies
Pour mieux comprendre l'effet des gènes différentiellement exprimés dans l'étude sur la doxorubicine, vous allez tester l'enrichissement de voies biologiques connues provenant de la base de données KEGG. Quelles voies KEGG sont surreprésentées parmi les gènes différentiellement exprimés pour les contrastes « dox_wt » et « interaction »?
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet du modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.
Extrayez les identifiants de gènes Entrez à partir du tableau de données
fit2$genes.Testez l'enrichissement des voies KEGG avec
keggapour le contraste"dox_wt". Définissez l'espèce à"Mm"pour Mus musculus.Affichez les 5 principales voies KEGG enrichies avec
topKEGG.Répétez l'analyse d'enrichissement de voies pour le contraste
"interaction".
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)