Catégories d'ontologie génétique

Dans l'exercice précédent, vous avez testé l'enrichissement de voies biologiques. Vous allez maintenant tester l'enrichissement dans des ensembles de gènes reconnus pour influencer un même processus biologique, appelés catégories d'ontologie génétique (GO). Quelles catégories GO sont surreprésentées parmi les gènes à expression différentielle de l'étude sur la leucémie ?

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Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

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Instructions de l’exercice

L'objet de modèle ajusté de l'étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.

Extrayez les identifiants Entrez Gene à partir du cadre de données fit2$genes.
Testez les catégories GO enrichies avec goana. Définissez l'espèce à "Hs" pour Homo sapiens.
Affichez les 20 premières catégories GO enrichies avec topGO. Réglez l'argument ontology à "BP" pour obtenir les processus biologiques (Biological Processes).

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)

# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)

Modifier et exécuter le code