1. Apprendre
    2. /
  2. Cours
    3. /
  3. Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Connected

Exercice

Prétraiter les caractéristiques

Dans l'exercice vidéo, vous avez vu que les distributions des échantillons pour l'étude sur la doxorubicine étaient fortement asymétriques à droite. La première étape consiste donc à prétraiter les caractéristiques : transformation logarithmique, normalisation et filtrage.

Instructions

100 XP

L'objet ExpressionSet eset_raw contenant les données brutes a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est chargé.

  • Appliquez la transformation logarithmique aux mesures. Utilisez plotDensities pour visualiser. Identifiez les échantillons par leur génotype.

  • Normalisez les mesures par quantiles avec normalizeBetweenArrays, puis re-visualisez.

  • Utilisez rowMeans pour déterminer quels gènes ont un niveau d'expression moyen supérieur à 0.

  • Filtrez les gènes (c.-à-d. les lignes) avec le vecteur logique keep, puis re-visualisez.