Visualiser les effets de lot
Dans l'expérience sur les cellules souches olfactives, il y avait 7 traitements avec 4 réplicats chacun, pour un total de 28 échantillons. Cependant, ces 28 échantillons ont été traités en 4 lots distincts. L'effet des traitements présente un intérêt biologique, tandis que l'effet des lots correspond à du bruit technique. À l'aide d'une réduction de dimension, déterminez lequel de ces deux effets a eu la plus grande incidence sur les données d'expression génique.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données des cellules souches olfactives a été chargé dans votre espace de travail.
Utilisez
plotMDSpour tracer les composantes principales. Indiquez les échantillons selon le traitement reçu et réglezgene.selectionà"common".Revisualisez les composantes principales en identifiant les échantillons selon leur lot.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")