Spécifier un modèle linéaire pour comparer 2 groupes
Pour repérer les gènes différentiellement exprimés dans l'expérience sur la leucémie, vous devez traduire en R le modèle linéaire suivant :
où \(X_{1}\) est égal à 1 pour les cancers progressifs et à 0 pour les cancers stables (remarque : R choisit automatiquement la condition de base par ordre alphabétique).
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données sur la leucémie a été chargé dans votre espace de travail.
- Utilisez
model.matrixpour construire une matrice de plans avec un coefficient d'ordonnée à l'origine (interception) et un coefficient qui indique l'état de la maladie.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)