Boîte à moustaches de Top2b
Passons à une vérification simple : créez une boîte à moustaches du niveau d'expression de Top2b pour confirmer que les souris « null » ont des niveaux d'expression de Top2b plus faibles.
Rappelez-vous que vous avez fait une boîte à moustaches semblable au chapitre 1, exercice 4.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données de doxorubicine a été chargé dans votre espace de travail.
Trouvez la ligne contenant les données de Top2b en cherchant
"Top2b"dans la colonne"symbol"des caractéristiques.Créez une boîte à moustaches en utilisant la syntaxe de formule. Le niveau d'expression doit être à gauche du
~, et la variable de génotype à droite.Transmettez la ligne de la trame de données des caractéristiques à
mainpour donner un titre au graphique.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])