Matrice de contrastes pour un factoriel 2x2

Un plan factoriel 2x2 offre de nombreux contrastes possibles. Vous devez vérifier les différences entre les types d'arbres dans chacune des conditions d'arrosage, les différences de réponse à la sécheresse pour chaque type d'arbre, ainsi que les différences de réponse à la sécheresse entre les deux types d'arbres (ce qu'on appelle traditionnellement l'effet d'interaction).

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Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

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Instructions de l’exercice

L'objet ExpressionSet eset avec les données Populus et la matrice de plan que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.

Créez type_drought pour tester l'effet du type d'arbre (NM6 c. DN34) en condition de sécheresse.
Créez water_dn34 pour tester l'effet de la sécheresse chez les arbres DN34.
Créez un terme d'interaction pour tester les différences de réponse à la sécheresse entre les deux types d'arbre (indice : mettez en contraste water_nm6 et water_dn34).

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Modifier et exécuter le code