Matrice de plan pour le modèle à moyennes de groupe
Dans le chapitre précédent, vous avez testé les données sur la leucémie pour la différenciation d'expression en utilisant la paramétrisation classique par contrastes de traitement. Comme première étape pour apprendre la paramétrisation plus souple par moyennes de groupe, vous allez refaire le test sur les données de leucémie afin de confirmer que vous obtenez les mêmes résultats.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données sur la leucémie a été chargé dans votre espace de travail.
- Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de plan sans intercept. Rappelez-vous que la variable d'intérêt pour cette étude (cancers progressifs vs stables) se trouve dans la colonneDiseasedu cadre de données de phénotypes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)