Créer un diagramme à moustaches avec un objet ExpressionSet
Maintenant que vous avez regroupé toutes les données expérimentales dans un seul objet ExpressionSet, il est plus simple de sous-échantillonner les caractéristiques et les échantillons. Dans cet exercice, vous allez de nouveau créer un diagramme à moustaches pour visualiser un gène, mais cette fois en sous-échantillonnant aussi les échantillons inclus dans le graphique.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset a été chargé dans votre espace de travail.
Extrayez de
esetuniquement les 10 premiers échantillons (colonnes).Créez un diagramme à moustaches du 1000e gène (c.-à-d. la ligne) dans
eset_suben utilisant les fonctions d'accèsexprs,pDataetfData.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])