Vérifier les sources de variation
Vous devez maintenant utiliser l'analyse en composantes principales pour vérifier les sources de variation dans les données. Les échantillons se regroupent-ils selon leur génotype (WT vs Top2b nul) et leur traitement (PBS vs Dox) ?
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données sur la doxorubicine a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.
Utilisez
plotMDSpour tracer les composantes principales. Indiquez le génotype des échantillons comme étiquette.Revisualisez les composantes principales en indiquant cette fois le traitement des échantillons.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")