Matrice de plan pour un factoriel 2x2
Dans cette expérience factorielle 2x2 visant à étudier l'effet de la sécheresse sur la croissance des arbres, deux types différents de peupliers (Populus) ont été cultivés avec deux quantités d'eau différentes. Pour obtenir un coefficient de modèle par groupe, vous devez d'abord combiner les deux variables.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données de Populus a été chargé dans votre espace de travail.
Combinez les variables
type(le type d'arbre) etwater(normal vs sécheresse) en une seule variable facteur.Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de plan sans constante (sans intercept).
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)