Matrice de plan pour 3 groupes
Dans l'expérience d'hypoxie, des cellules souches ont été exposées à 3 niveaux d'oxygène : 1 %, 5 % et 21 %. Pour comparer la fonction cellulaire dans ces 3 environnements, utilisez la paramétrisation par moyennes de groupes afin de définir un modèle linéaire avec un coefficient pour chaque niveau d'oxygène.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données d'hypoxie a été chargé dans votre espace de travail.
- Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de plan sans constante. Rappelez-vous que la variable d'intérêt pour cette étude (3 niveaux d'oxygène) se trouve dans la colonneoxygendu cadre de données de phénotypes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)