Créer un objet ExpressionSet
Gérer trois ensembles de données pour une même expérience est fastidieux et propice aux erreurs, surtout si vous devez appliquer des filtres. Regroupez les trois ensembles de données de l'expérience sur la leucémie dans un seul objet à l'aide de la classe Bioconductor ExpressionSet.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
La matrice d'expression (x), les données de caractéristiques (f) et les données de phénotype (p) sont déjà chargées dans votre espace de travail.
Créez un nouvel objet ExpressionSet avec la fonction
ExpressionSet.Transmettez la matrice d'expression à l'argument
assayData.Transmettez le tableau de données de phénotype à l'argument
phenoData.Transmettez le tableau de données de caractéristiques à l'argument
featureData.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load package
library(Biobase)
# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
featureData = AnnotatedDataFrame(___))
# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)