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  3. Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
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Exercice

Graphique volcan

Vous allez maintenant visualiser l'ampleur de l'expression différentielle pour chaque contraste au moyen d'un graphique volcan, qui affiche sur l'axe des y le logarithme des cotes de l'expression différentielle et sur l'axe des x le changement de repli log.

Instructions

100 XP

L'objet de modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.

  • Accédez aux symboles géniques (symbol) à partir du cadre de données fit2$genes.

  • Créez un graphique volcan qui met en évidence les 5 gènes principaux pour chacun des 3 contrastes.