Graphique volcan
Vous allez maintenant visualiser l'ampleur de l'expression différentielle pour chaque contraste au moyen d'un graphique volcan, qui affiche sur l'axe des y le logarithme des cotes de l'expression différentielle et sur l'axe des x le changement de repli log.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet de modèle ajusté fit2 a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.
Accédez aux symboles géniques (
symbol) à partir du cadre de donnéesfit2$genes.Créez un graphique volcan qui met en évidence les 5 gènes principaux pour chacun des 3 contrastes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)