Tester l'expression différentielle entre 2 groupes

Maintenant que vous avez un objet ExpressionSet et une matrice de plan d'expérience, vous pouvez ajuster et tester votre modèle avec limma.

Cette activité fait partie du cours

Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

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Instructions de l’exercice

L'objet ExpressionSet eset contenant les données de leucémie et la matrice de plan d'expérience que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.

Ajustez les coefficients du modèle avec lmFit.
Calculez les statistiques t avec eBayes.
Résumez les résultats avec decideTests.
Comme il n'est pas logique de tester le terme d'ordonnée à l'origine, indiquez le coefficient "Diseasestable" lors de l'exécution de decideTests.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Modifier et exécuter le code