Histogramme des valeurs p

Un bon graphique de diagnostic est l'histogramme des valeurs p. Une forte densité de petites valeurs p indique de nombreux gènes différentiellement exprimés, tandis qu'un histogramme uniformément réparti indique qu'il y en a peu. Créez un histogramme des valeurs p pour l'étude sur la leucémie.

Cette activité fait partie du cours

Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

Voir le cours

Instructions de l’exercice

L'objet de modèle ajusté de l'étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.

Utilisez topTable pour obtenir les statistiques récapitulatives pour chaque gène.
Pour obtenir des résultats pour chaque gène, définissez l'argument number au nombre de lignes de fit2.
Pour désactiver le tri des résultats par niveau de signification, définissez l'argument sort.by à "none".
Utilisez hist pour créer un histogramme des valeurs p.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Modifier et exécuter le code