Voies KEGG
Pour faciliter l'interprétation des résultats d'expression différentielle, une technique courante consiste à tester l'enrichissement dans des ensembles de gènes connus. La base de données KEGG contient des ensembles de gènes validés qui sont connus pour interagir au sein d'une même voie biologique. Quelles voies KEGG sont surreprésentées parmi les gènes différentiellement exprimés de l'étude sur la leucémie?
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet du modèle ajusté de l'étude sur la leucémie du chapitre 2, fit2, a été chargé dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.
Extrayez les identifiants de gènes Entrez à partir du cadre de données
fit2$genes.Testez l'enrichissement des voies KEGG avec
kegga. Définissez l'espèce à"Hs"pour Homo sapiens.Affichez les 20 principales voies KEGG enrichies avec
topKEGG.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)