Matrice de contrastes pour 3 groupes
Pour trouver les gènes différentiellement exprimés entre chacun des 3 niveaux d'oxygène, vous devez définir 3 contrastes par paires.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset avec les données d'hypoxie et la matrice de plan d'expérience que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.
- Utilisez
makeContrastspour définir les 3 contrastes par paires. N'oubliez pas d'utiliser les noms de colonnes de la matrice de plan d'expérience sans guillemets.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm