Matrice de plan
L'expérience avec la doxorubicine suit un plan factoriel 2x2. Vous devrez donc créer une variable combinée à utiliser dans la paramétrisation par moyennes de groupe.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset contenant les données sur la doxorubicine a été chargé dans votre espace de travail.
Combinez les variables
genotype(WT c. Top2b null) ettreatment(PBS c. Dox) en une seule variable de type facteur.Utilisez
model.matrixpour créer une matrice de plan sans ordonnée à l'origine.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)