Tester l'expression différentielle pour 3 groupes
Maintenant que vous avez spécifié la matrice de plan et la matrice de contrastes, vous pouvez tester l'expression différentielle.
Cette activité fait partie du cours
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R
Instructions de l’exercice
L'objet ExpressionSet eset avec les données d'hypoxie, la matrice de plan (design) et la matrice de contrastes (cm) ont été chargés dans votre espace de travail.
Ajustez les coefficients du modèle avec
lmFit.Ajustez les contrastes avec
contrasts.fit.Calculez les statistiques t avec
eBayes.Résumez les résultats avec
decideTests.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)