Matrice des contrastes

Pour tester l'effet de la doxorubicine sur le cœur des souris de type sauvage et des souris Top2b nulles (ainsi que toute interaction entre le traitement et le génotype), vous devez opposer les coefficients de la matrice de conception.

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Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

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Instructions de l’exercice

L'objet ExpressionSet eset avec les données sur la doxorubicine et la matrice de conception design ont été chargés dans votre espace de travail. Le paquet limma est déjà chargé.

Créez dox_wt pour tester l'effet de la doxorubicine chez les souris de type sauvage.
Créez dox_top2b pour tester l'effet de la doxorubicine chez les souris Top2b nulles.
Créez un terme d'interaction pour tester les différences de réponse à la doxorubicine entre les deux types de souris (indice : opposez dox_top2b et dox_wt).

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Modifier et exécuter le code