Matrice de contrastes pour les moyennes de groupe

Puisque vous utilisez la paramétrisation par moyennes de groupe, il y a maintenant une étape supplémentaire dans la chaîne d'analyse de limma. Les coefficients représentent désormais le niveau moyen d'expression pour chacun des deux groupes d'échantillons. Vous devez donc définir un contraste personnalisé pour tester les différences entre les leucémies progressives et stables.

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Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

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Instructions de l’exercice

L'objet ExpressionSet eset contenant les données sur la leucémie et la matrice de plan que vous venez de créer (design) ont été chargés dans votre espace de travail.

Utilisez makeContrasts pour définir le contraste status, soit la différence du niveau moyen d'expression entre les cancers progressifs et stables.
Passez la matrice de plan design à l'argument levels. Cela permet d'utiliser les noms de colonnes de design (qui correspondent aux coefficients) dans la définition des contrastes.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Modifier et exécuter le code